Primero que nada pongo un gran tutorial de como realizar esta tarea (liga en inglés).
Nuevamente, si estamos acostumbrados a Windows el hacer iconos para este sistema era relativamente fácil, Ubuntu utiliza archivos .svg cuya enorme venataja además del ser ligeros es que aunque cambien de tamaño no pierden calidad ni claridad, al utilizar este formato y con algunos sencillos códigos se pueden crear temas mixtos que incluyan no solo las imagenes .svg sino también diversas resoluciones del tipo .png.
Hacer un buen juego por completo a partir de vectores (svg) es asunto principalmente de diseñadores, modificar un juego ya hecho es casi tan sencillo como lo haríamos en Windows, lo que probablemente nos tome más tiempo será aprender a utilizar los programas.

Para modificar iconos en formato .svg esta el programa Inkscape (software libre), una vez teniendo el icono que deseemos lo podemos importar con los siguientes scripts (que yo no pude utilizar) para convertirlos a .PNG (liga a articulo en inglés). Adobe Illustrator también soporta este tipo de archivo.

Por otra parte, si queremos modificar un .PNG de alta calidad y después salvarlo en versiones pequeñas se puede utilizar Gimp (software libre) o Photoshop.
También se pueden mezclar juegos de iconos, solo debemos cuidar los nombres de los archivos para que todos respondan a los listados en el administrador del tema (index.theme), esto se logra si no cambian los nombres de los archivos, el único nombre que es necesario cambiar esta dentro del índice ya que dos juegos no pueden llamarse igual (“Tangerine”, por ejemplo) porque de otra manera tendremos iconos desaparecidos.
Utilizando Inkscape
A diferencia de Photoshop y GIMP ningún otro programa parece manejar la modificación de un solo color (opacar solo amarillos, quitar azul a rojos, etc.) en Inkscape se cambian todos los colores en un icono al mismo tiempo aunque las selecciones sean especificas.

Pero el tipo .svg al estar hecho de vectores cuenta con la ventaja de que cada parte es modificable de manera independiente, el icono de un CD, por ejemplo, se conforma de triángulos grises, triángulos rosas o verdes, círculos negros y tambien letras, todos y cada uno de ellos desarmables y modificables en infinidad de sentidos.

Desde los años 90’s con Corel Draw no había encontrado un programa con tantas posibilidades, si tenemos el tiempo y la paciencia suficiente cada icono puede convertirse en la representación exacta de lo que queremos.
Luego entonces, bajamos o tomamos el juego de iconos que queramos personalizar, lo mas común es el cambio de colores asi que en Inkscape vamos agregandole (o restándole) “Hue” hasta tener el tono que deseemos, también existe en el menú la opción “Color, Custom” que puede ayudarnos a obtener otros tonos sin perder el diseño original para luces y sombras.

Si queremos cambiar formas o agregar reflejos se puede hacer de manera muy sencilla con este programa, acá dejo una pagina con tutoriales (en inglés).
Existe igualmente una versión de Inkscape para Windows y funcionó bien hasta que sin previo aviso dejó de importar archivos que no fueran svg.


Un problema con Inkscape en Ubuntu

Al estar modificando iconos el programa dejó de guardar cambios en las areas con colores no uniformes y el resultado eran solo algunas lineas con enormes partes faltantes, al investigar el problema parecia ser exclusivo de mi programa asi que tuve que solucionarlo modificando en Inkscape de manera normal, despues salvar, abrir en Illustrator, y volver a salvar.
En general Inkscape fue estable y mucho mas veloz en Ubuntu que en Windows, simplemente el copiar 3K archivos del tema Human le llevo 40 segundos a diferencia de 6 minutos en Vista, aun no se si Illustrator corré con Wine pero de no ser asi la mejor alternativa sigue siendo hacer la mayor parte de la edicion en Ubuntu.